El nombre de Quel parece provenir del árabe Kalá, que significa castillo. Esta teoría parece confirmarla el hecho de que antiguamente su nombre era Kelle. Así aparece en la escritura del voto de Fernán González junto con los asentamientos de Arneto, Abtole y Calagurris –Arnedo, Autol y Calahorra- respectivamente.

En el año 1040 el rey García el de Nájera dona a su mujer, doña Estefanía, por la denominada Carta de Arras, Arnedo y su valle, que los poseía en señorío Fortún Ochoa. Lógicamente, este hace suponer que Quel es Fortún Garcés. Avala este hecho el que en el testamento de la reina Estefanía no se mencione Quel ni el valle de Arnedo.

A lo largo del siglo XII la historia de Quel está ligada a la de Arnedo e íntimamente relacionada con las luchas que los reyes cristianos mantienen por La Rioja.

Tras la muerte de Sancho el de Peñalén, Alfonso VI de Castilla consigue la incorporación del territorio, pero no tardará en pasar a órbita aragonesa. En 1127 Alfonso I de Aragón, a instancias del obispado de Pamplona y ante la grave crisis creada por la guerra que mantenía con Castilla, promete devolver La Rioja a su hijastro Alfonso VII el Emperador. Esta promesa no se cumple finalmente ya que a su muerte el rey de Castilla y León se apodera de las tierras riojanas.

No se acaban aquí los problemas para la región, ya que a mediados del siglo XII se acuerda que la zona riojana situada en la margen derecha del Ebro sea entregada al feudalismo del rey de Castilla, García Ramírez de Navarra. Pero durante la minoría de edad de Alfonso VIII de Castilla el rey de Navarra comienza la conquista de La Rioja, y entre 1162 y 1163 sus ejércitos ocupan Logroño, Navarrete, Entrena, Pazuengos, Ausejo, Resa, Autol, Quel y Ocón.

En 1175 el rey de Castilla se alía con el de Aragón y comienza la recuperación de la zona riojana. En julio de 1173 Alfonso VIII ocupa Quel.

Fernández Bobadilla afirma que "la grave situación creada entre ambos monarcas propicia un acuerdo en agosto de 1176" por él sometían sus diferencias territoriales al arbitraje del rey inglés Enrique II. Entre las reclamaciones navarras ante la curia inglesa figura la devolución de Quel.

El fallo del rey inglés supone la pérdida de las posesiones riojanas por parte del rey navarro que pasan finalmente a al órbita castellana.

En el año 1200, en la escritura de asignación de rentas a la iglesia catedral de Calahorra, hecha por su obispo Juan de Préjano, entre otras figura <<et illas sernas de Quel, el villam quae dicitur Sanctus Petrus vetus cum omnibus pertinentiis suis>>. En el año 1250 consta que era señor de Quel Simón Róiz. En los cronicones del siglo XV se habla ya de las villas de Quel de Yuso, que tenían sus correspondientes alcaldes por el estado noble y por el estado llano.

En el año 1789 aparece todavía con esta denominación. Fue villa de señorío hasta el siglo XVIII.

Perteneció a la provincia de Soria hasta la creación de la de Logroño en 1833. Un año después quedó incluida en el partido judicial de Arnedo.

El 18 de diciembre de 1796 nace en Quel Manuel Bretón de los Herreros, pero sus padres se trasladan a Madrid siendo él un niño. Muy joven todavía y huérfano prematuramente, sentó plaza de soldado y pasó diez años en el servicio de armas. Bretón destacó fundamentalmente en la comedia satírica y de costumbres. Su producción literaria es muy extensa, considerándose el mejor poeta cómico de su tiempo. Sus obras más importantes son <<Marcela o ¿cuál de la tres?>>, <<¡Muérete y verás!>>, <<La escuela del matrimonio>>, <<A Madrid me vuelvo>>... Fue miembro de la Real Academia de la Lengua. En Quel hay una placa colocada en la casa donde nació.