Posteriormente, en el año 179 a. J.C., el general romano Tiberio Sempronio Graco fundó sobre la antigua Ilurcis la ciudad romana de Graccurris.

Localizada a dos kilómetros de la actual población de Alfaro, Graccurris formó parte del Convento jurídico Cesaraugustano. En Graccurris hubo una doble población: la indígena originaria de la antigua Ilurcis, y la romana de los colonos asentados en ella. En tiempos de Tiberio, sus monedas indican que tuvo condición de municipio.

Esta ciudad romana de Graccurris debió desaparecer hacia el siglo V d. J.C., ya que en el siglo VII no aparece en la carta del Papa Hilario, en que se señalan las ciudades de esta región.

Durante la ocupación árabe, Alfaro fue, junto con Cervera, las poblaciones riojanas mas tiempo sometidas al dominio musulmán.

En la historia del Cid, se menciona Alfaro en dos ocasiones con motivo de la entrada hecha por el Campeador en La Rioja desde Zaragoza en el 1094.

Tras la Reconquista definitiva de esta zona ( en 1118 Zaragoza y el 1119 Tudela y Tarazona), el rey Alfonso I el Batallador de Aragón y Navarra, en el año 1125 repartió el riego del río Alhama, otorgando a los de Alfaro dos días y dos noches. En los fueros dados por este mismo rey a Tudela, entre los testigos que firman figura <<senior Lope Enechez in Borobia et Alfaro>>.

En el año 1253, el rey Alfonso X el Sabio estuvo en Alfaro y concedió a las iglesias de la villa el privilegio de liberar a los abades y prebendados de la obligación de pagar varios impuestos, entre ellos los pechos, pedidos...

Posteriormente, en el siglo XV, el rey Juan II concedió a la villa el privilegio de poder extraer sal de Navarra y venderla libremente. Este mismo rey castellano otorgó en 1424 a la villa la merced, de no poder ser enajenada ni separada de la corona. Hacia 1429, el príncipe Gascón de Foix, casado con Leonor, hija del Rey de Aragón y Navarra Juan II, puso cerco a la villa, que quería anexionar a Navarra. La resistencia de los alfareños y la pérdida de Corella obligaron al conde a levantar el asedio.

En el siglo XVII, el 12 de diciembre de 1629, el rey Felipe IV concedió el título de Ciudad de Alfaro.

Durante los siglos XVII y XVIII tuvo una gran prosperidad económica que dejó en Alfaro casas de numerosas familias ilustres (Quintana, Valles, Hurtado de Mendoza, González de Santa Cruz, Frías de Salazar, López de Montenegro, Garcés del Cero, Echagüe).

Anteriores a las reformas del siglo XIX, Alfaro tenía tres conventos de religiosos, dos de monjas, Colegiata y una abadía con jurisdicción casi episcopal.